Transcript
bioinf - pytania egzamiiiii.doc (34 KB) Pobierz Dostałam 4 pytania, które zrobiłam w 15 min, Z tego co pamiętam to 1) było podane jakieś białko i pytanie ile jest rekordów tego białka w uniprocie, co mają swoje odnośniki w pdb, 2) znajdź 5 ortologów jakiegoś tam białka, 3) była nazwa struktury krystolograficznej i pytanie z jakiego to białka i jakie domeny sa w tym białku, 4) nazwa białka z neisserii i w której ramce odczytu będzie najdłuższy transkrypt. strukture krystalograficzna znajdujesz wpisujac jej numer do pdb, numer jest podany ORFfinder, wklejasz tam sekwencję nukleotydową i zaznaczaśz na dole "all six frames" - wtedy wyrzuci sekwencję w 6 ramkach i z boku będzie napisane jakie są długie - wybieramy najdłuższą:) 4 krótkie pytania, spośród których można sobie wybrać 3 do rozwiązania ok. 20 minut na wszystko, panowie podchodzą najpierw do tych, którzy wcześniej skończyli. 1. Ile jest białek z Danio rerio, które posiadają więcej niż 5000 aminokwasów. Ile jest takich białek ludzkich? (+) 2. Zaznacz wiązania wodorowe między białkiem a DNA dla białka wiążącego TATA-box (1 AIS) (+) 3. Znajdź helisy transmemmbranowe w białku X - ile ich jest? (+) 4. Ile białek o 100 % zgodności z białkiem X znajduje się w bazie UniProt? (uniprotkb i na górze kliknąć 100%/ znaleźć białko w uniprocie i wprowadzić do blasta, potem patrzeć na 100% podob.lub query cover)??? a czy wie ktos jak odpowiedziec na to: Ile białek o 100 % zgodności z białkiem X znajduje się w bazie UniProt? To będzie można znaleźć tutaj: http://i.imgur.com/EYmu9aW.png 1. Jaka jest najczęstsza przyczyna powstawania mutacji związanych z cystic fibrosis? (OMIM w SRS)? 2. Znajdź sekwencje DNA podobne do białka x. tblastn 3. Ile białek o zachowanej strukturze posiada motyw xxxxx, podaj numery tych białek. 4. Czy w białku o strukturze xxxx arginina 521 tworzy wiązania wodorowe? Mniej więcej tak brzmiały pytania. Trochę dopytywali, np w blascie, jak zinterpretujesz otrzymane wyniki (e-value, identity), pytań teoretycznych nie miałam. 1. Białko X podane, ile ma aminokwasów? (+) 2. Białko X podane, ile podobnych białek w bazie danych białek opatentowanych? Ile z E value mniejszym od 0.001? (+) 3.Białko X, czy posiada helisy transbłonowe? (+)
4. jakaś czarna magia o wiązaniach między atomami...nie pamietam, od razu olałem:) w blascie mozesz wybrac baze: Database: patented protein seq Ile jest helis w białku odpowiedzialnym za fenyloketonurię? ktoś wie jak sprawdzic? Można za pomocą srs.ebi.ac.uk odnaleźć w bazie OMIM 'Phenylketonuria', zrobić link do UniProt, trafiając w ten sposób na: http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-id+2OcDg1ikrmW+e+[UNIPROT:'PH4H_HUMAN']+-qnum+3+-enum+1 A tam w zakładce 'Features', klucz 'Helix' występuje 16 razy.
Czy alfa helisy białka 3d9x mają aminokwasy znajdujące się w niedozwolonych obszarach wykresu Ramachandrana? Jest całkiem przyzwoicie - wykres z Chimery przedstawia się tak: http://i.imgur.com/tkamxh6.png (te czerwone punkty oznaczają właśnie alfa helisy mieszczą się w wyznaczonych zakresach). Trzeba otworzyć białko, zaznaczyć helisy przez Select/Structure/Secondary Structure/Helix, a potem Favorites/Model Panel/Ramachandran Plot. Czy gen kodujący białko NadA z bakterii Neisseria meningitidis koduje jeszcze jakieś długie ORFy w innych ramkach odczytu? jak to w innych ramkach? ORFFinder dla sześciu ramek, sprawdż w 5 pozostałych... 3 ramki dla nici + i 3 dla nici -
Plik z chomika: wilczastokrotka
Inne pliki z tego folderu:
bioinf - pytania egzam.doc (34 KB) bioinfo-pyt odp-1.doc (96 KB) bioinf - pytania egzamiiiii.doc (34 KB)
Inne foldery tego chomika:
BIOCHEMIA D BIOCHEMIA ROŚLIN BIOCHEMICZNE PODSTAWY CHORÓB METABOLICZNYCH BIOETYKA
Zgłoś jeśli naruszono regulamin
Strona główna Aktualności Kontakt Dla Mediów Dział Pomocy Opinie Program partnerski
Regulamin serwisu Polityka prywatności Ochrona praw autorskich Platforma wydawców
Copyright © 2012 Chomikuj.pl
BIOLOGIA KOMÓRKI
