Transcript
Nowa metoda sekwencjonowania — cały genom z jednej komórki Minimalizm jest w modzie. Naukowcy również podążają tym trendem, jednak oni z małych komórek tworzą wielkie rzeczy. Niedawno pisaliśmy, że z pojedynczej komórki macierzystej stworzono pełny profil krwi człowieka. Tym razem naukowcy z Craig Venter Institute i Illumina Inc. w UC San Diego, stworzyli metodę umożliwiającą sekwencjonowanie genomu uzyskanego właśnie z pojedynczej komórki. Illumina jest znana w środowisku z innowacyjnych metod tak zwanego głębokiego sekwencjonowania. Techniki, i tak już dużo lepsze od klasycznej metody Sangera, ulepszono znacznie zmniejszając ilość materiału niezbędnego do analizy DNA. Do tej pory, by poznać pełną sekwencję genetyczną jednego gatunku, potrzebne były tysiące jednakowych komórek. W wielu przypadkach, w szczególności w badaniach bakterii, dotychczasowe sposoby sekwencjonowania nie dawały efektów. Brak odpowiednich procedur hodowli laboratoryjnej rzadkich, nie dość dobrze poznanych szczepów uniemożliwiał namnażanie ilości komórek niezbędnych do badania. Nowa metoda sekwencjonowania oparta jest o kopiowanie już samego wyizolowanego DNA. Powielanie samego genomu oszczędza czas, nie wymaga również poznania naturalnych warunków bytowania badanego szczepu. Nie znane są techniczne szczegóły, jednak twórcy zapewniają, że skuteczność sekwencjonowania z jednej komórki sięga 90%. Wynik jest obiecujący. Najlepsze z dotychczasowych metod sekwencjonowania pozwalały na określenie 95% genów zapisanych w DNA, przy czym, do osiągnięcia takiego wyniku, potrzebne były tysiące jednakowych komórek. Różnica tych 5% jest i tak niewielkim ustępstwem,
jak na tak ogromny postęp w metodyce, która w dalszym ciągu jest dopracowywana. Procedura stworzona w Instytucie Craiga Ventera umożliwia wzbogacenie światowych baz danych o tysiące nowych genomów mikroorganizmów. Szczególne nadzieje, zwłaszcza dla medycyny, wiązane są z bakteriami współbytującymi z człowiekiem. Wiele z tych gatunków, jest dotąd niepoznanych, właśnie ze względu na dotychczasowe trudności z odpowiednim przygotowaniem próbek. Już wkrótce może się to zmienić.
DNA Nowa metoda sekwencjonowania pozwala na poznanie całego genomu z jednej komórki Marta Danch Źródło: PhysOrg. Data publikacji: 28.11.2011r.
