Transcript
BLOK LICENCJACKI GENETYCZNY
Blok licencjacki genetyczny
pozwala na uzyskanie rzetelnej i szczegółowej wiedzy z zakresu genetyki na poziomie
komórkowym i molekularnym
Jeśli chcesz wiedzieć: • w jaki sposób geny decydują o rozwoju i funkcjonowaniu organizmów • na czym polegają mutacje • co leży u podłoża chorób genetycznych • jakie metody badawcze są wykorzystywane w genetyce molekularnej, cytogenetyce • co to są uszkodzenia DNA i jak sobie z nimi radzić • jak wykorzystać dane z zakresu genetyki w biologii, mikrobiologii, biochemii
wybierz blok genetyczny
Gdzie można realizować prace licencjackie? • • • •
Katedra Genetyki Molekularnej (Instytut Biochemii) Katedra Cytobiochemii (Instytut Biochemii) Pracownia Cytogenetyki (Instytut Biologii Eksperymentalnej) Zakład Genetyki Drobnoustrojów (Instytut Mikrobiologii, Biotechnologii i Immunologii)
Do kogo należy się zgłaszać w związku z realizacją pracy licencjackiej? • prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska Katedra Cytobiochemii
• prof. dr hab. Katarzyna Woźniak Katedra Genetyki Molekularnej
• dr hab. Renata Kontek, prof. nadzw. UŁ Pracownia Cytogenetyki
• dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Krótki „przewodnik” po bloku genetycznym czyli: czym zajmują się poszczególne jednostki naukowe i jakie proponują tematy prac licencjackich w roku akademickim 2017/2018
Katedra Genetyki Molekularnej
Tematyka prac badawczych realizowanych w Katedrze Genetyki Molekularnej Rola białka RUNX2 w reakcji na uszkodzenia DNA w komórkach różnicujących. Relacje pomiędzy autofagią, starzeniem i reakcją komórki na uszkodzenia DNA w nabłonku barwnikowym siatkówki. Stres oksydacyjny w patogenezie zespołu suchego oka. Znaczenie modyfikacji epigenetycznych w reakcji komórki na uszkodzenia DNA. Ekspresja genów szlaku BER w chorobie Alzheimera. Zmienność genów naprawy DNA w chorobach depresyjnych.
Białka naprawy dwuniciowych pęknięć DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności. Genetyczne uwarunkowania chorób nowotworowych.
Identyfikacja mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na leki przeciwnowotworowe za pomocą inhibitorów naprawy DNA.
Proponowane tematy prac licencjackich Edytowanie genomów
– narzędzie biologii molekularnej i medycyny.
Reakcja łańcuchowa polimerazy – nowe oblicza standardowej techniki badawczej.
Sekwencjonowanie DNA – historia i nowoczesność. Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w medycynie i sądownictwie.
Proponowane tematy prac licencjackich Klonowanie macierzystych
komórek embrionalnych – problemy techniczne
i etyczne. Proces naprawy DNA – Nobel w dziedzinie chemii w 2015 roku.
Co kształtuje inteligencję – geny czy środowisko? Znaczenie sumoilacji białek dla naprawy DNA.
Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ
Katedra Cytobiochemii
Katedra Cytobiochemii prof. dr hab. Wanda M. Krajewska – Kierownik Katedry prof. dr hab. Magdalena Bryś dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ dr hab. Małgorzata Rogalińska, prof. nadzw. UŁ
Tematyka badawcza Poszukiwanie potencjalnych markerów nowotworów piersi, prostaty, endometrium, pęcherza moczowego, jelita grubego i przewlekłej białaczki limfocytowej B-komórkowej Zaburzenia transmisji sygnałów komórkowych w transformacji nowotworowej i stanach zapalnych Personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej Modyfikacje epigenetyczne w chorobach nowotworowych Glikozylacja białek w regulacji metabolizmu komórek nowotworowych
Katedra Cytobiochemii Przykładowe tematy prac licencjackich
• • • • • • • • • •
Dieta a modyfikacje epigenetyczne DNA Nutrigenomika- wpływ diety na ekspresję genów Analiza DNA w genetyce sądowej Sekwencje mikrosatelitarne w diagnostyce medycznej Genetyczne czynniki długowieczności Genetyczne podłoże zespołów przedwczesnego starzenia Molekularny budzik - regulacja rytmu okołodobowego Mechanizmy epigenetyczne a transformacja nowotworowa Indukcja apoptozy w terapii przeciwnowotworowej Nowe związki w terapiach przeciwnowotworowych
Pracownia Cytogenetyki
Pracownia Cytogenetyki Instytut Biologii Eksperymentalnej dr hab. Renata
Kontek prof. nadzw. UŁ (
[email protected];) – kierownik Pracowni dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ (
[email protected]) dr Beata Marciniak adiunkt (
[email protected])
Tematyka badawcza: cytotoksyczność związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków) oraz nowo syntetyzowanych związków chemicznych o charakterze przeciwnowotworowym indukcja apoptozy i nekrozy stopień proliferacji komórek (indeks mitotyczny, cykl komórkowy) genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej poziom stresu oksydacyjnego Materiał badawczy: prawidłowe i nowotworowe komórki człowieka Metody: hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria przepływowa (badanie apoptozy i cyklu komórkowego), podwójne barwienia fluorochromami,, metody fluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna
Pracownia Cytogenetyki Instytut Biologii Eksperymentalnej
Tematyka planowanych prac licencjackich w roku 2017/2018: • • • • • •
Od chromosomu do genu Różne oblicza mutacji genowych Rokitnik zwyczajny – bioaktywny ananas Aberracje chromosomowe w chorobach nowotworowych Kariotypowanie – wskazania, stosowane techniki i inne w zależności od zainteresowań genetycznych studenta
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Zakład Genetyki Drobnoustrojów dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz, dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik Zakładu
• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych pochodnych tiosemikarbazydów jako potencjalnych leków antybakteryjnych (poznanie właściwości przeciwbakteryjnych, mutagennych, genotoksycznych, cytotoksycznych) - Małocząsteczkowe związki (masa <400)
- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim izotiocyjanianem - Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów – hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika)
Ogólny wzór tiosemikarbazydu W zależności od rodzaju podstawników wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze, przeciwwirusowe, owadobójcze, przeciwnowotworowe, przeciwpasożytnicze, przeciwzapalne, antydepresyjne i chwastobójcze.
Zakład Genetyki Drobnoustrojów • Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe charakterystyczne dla fazy zakażenia • komputerowe analizy genomów dermatofitów • pomiar ekspresji wybranych Trichophyton genów, w tym transporterów leków z rodziny białek ABC, przy zastosowaniu technik qPCR oraz RNAseq • porównawcza analiza proteomu Microsporum dermatofitów hodowanych w obecności zmiennych parametrów środowiskowych, naśladujących fazę zakażenia.
Proteomic analysis
Transcriptomic analysis
Sample preparation
RNA libraries preparation
1-D, 2-D SDS-PAGE
sequencing (total reads)
LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF
Data processing (clean reads)
Protein identification using bioinformatic software (eg. Mascot)
gene assembly
Analysis of changes in protein profile
Epidermophyton
PCA- principal component analysis
analysis of changes in gene expression
analysis of contigs, transcript annotation, etc.
newly discovered genes
Zakład Genetyki Drobnoustrojów Przykładowe tematy prac licencjackich: Molekularne podstawy zmienności fazowej u bakterii
Quorum sensing – komunikowanie się bakterii w obrębie populacji Wykorzystanie komórek macierzystych w terapii genowej Chromosomy, chromidy, plazmidy – organizacja genomów bakteryjnych
Rola subinhibitorowych stężeń antybiotyków w indukcji systemu SOS u bakterii Stres oksydacyjny jako przykład ogólnego działania antybiotyków na
drobnoustroje
Studentów pragnących poszerzyć swoje zainteresowania genetyczne zapraszamy do: Sekcji Genetycznej Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr Ewelina Synowiec)
Sekcji Cytogenetycznej Studenckiego Koła Naukowego Biologów (opiekun dr hab. Alina Błaszczyk, prof. nadzw. UŁ)
Zapraszamy
