Transcript
METODA IDENTYFIKACJI WIRUSÓW RNA W DIAGNOSTYCE WIRUSOLOGICZNEJ (PROJEKT NR P-179)
Przedmiotem oferty jest nowa metoda identyfikacji wirusów RNA, znajdująca potencjalne zastosowanie do detekcji znanych wirusów RNA i ich wariantów, a także do detekcji nowych wirusów RNA, które nie mogą zostać rozpoznane za pomocą standardowych metod. Prezentowana metoda może być także wykorzystana do amplifikacji fragmentów RNA, co może znaleźć zastosowanie w szybszej i lepszej diagnozie zakażeń wirusami RNA. Zakażenia wirusowe są związane z licznymi chorobami ludzkimi oraz zwierzęcymi. Jednakże ze względu na trudności w identyfikacji wirusów oraz ich dużą zmienność, czynniki etiologiczne licznych chorób pozostają nieznane, jak na przykład w chorobie Kawasakiego. Przykładem trudności w identyfikacji wirusów w materiale klinicznym są choroby układu oddechowego. Trwające od wielu lat badania nad tymi chorobami wciąż prowadzą do identyfikowana nowych wirusów np. ludzkiego koronawirusa NL63 lub HKU1, ludzkiego bokawirusa, wirusa SARS lub koronawirusa EMC. Niemożność ich identyfikacji wynika z dużej zmienności wirusów oraz z niedoskonałego systemu detekcji.
Obecnie wykorzystywane metody identyfikacji znanych wirusów obejmują szereg metod, poczynając od hodowli komórkowych, poprzez testy na obecność antygenów, aż po metody molekularne pozwalające na amplifikację kwasów nukleinowych. Do metod molekularnych można zaliczyć również metody pozwalające na identyfikację nowych wirusów lub wariantów wirusów niewykrywalnych standardowymi metodami. Najbardziej czułą metodą identyfikacji wirusów jest wykorzystanie starterów uniwersalnych w standardowej amplifikacji kwasów nukleinowych. W metodyce tej wykorzystuje się obecność stałych, konserwatywnych miejsc w genomach wirusów należących do pojedynczej rodziny. Wykorzystanie takich miejsc dla projektowania starterów pozwala mieć nadzieje, że w przypadku nieznanych wirusów fragmenty te również będą obecne i możliwa będzie amplifikacja i identyfikacja nowych wirusów lub nowych wariantów znanych wirusów. Największą wadą tej metody jest jej skuteczność ograniczona tylko do wirusów, które posiadają identyczne elementy o długości 18‐25 nukleotydów, co świadczy o ich pokrewieństwie. Pewnym udogodnieniem w tym wypadku jest metoda CODEHOP, która umożliwia wykorzystanie konserwatywnych fragmentów białek i projektowanie silnie zdegenerowanych starterów.
Przedmiotem wynalazku jest nowa metoda identyfikacji wirusów RNA polegająca na wykorzystaniu krótkich 6‐8 nukleotydowych elementów DNA, jako miejsc przyłączenia specyficznych starterów w reakcji PCR w reakcji odwrotnej transkrypcji. Metoda obejmuje również syntezę drugiej nici DNA, co pozwala na dodanie do fragmentu kwasu nukleinowego syntetycznych adapterów pozwalających na późniejszą amplifikację materiału genetycznego wirusów RNA. Jest to modyfikacja obecnie stosowanej standardowej reakcji PCR. Główną zaletą opisywanej metody jest znaczne skrócenie miejsc konserwatywnych niezbędnych dla namnożenia kwasu nukleinowego w porównaniu do standardowej reakcji PCR z wykorzystaniem starterów uniwersalnych. Uzyskane produkty mogą zostać następnie poddane analizie, przykładowo z wykorzystaniem analizy wielkości (np. na żelu agarozowym lub poliakrylamidowym) lub z wykorzystaniem sekwencjonowania. Do innych zalet proponowanej metody należą:
możliwość stosowania metody w identyfikacji wirusowego RNA także w próbkach klinicznych;
większa specyficzność w stosunku do obecnie stosowanych metod PCR z użyciem starterów uniwersalnych;
prostota realizacji.
Oferowana metoda identyfikacji wirusów RNA stanowi przedmiot zgłoszenia patentowego. Dalsze prace nad jej rozwojem są prowadzone na Wydziale Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii UJ, a Centrum Innowacji, Transferu Technologii i Rozwoju Uniwersytetu poszukuje podmiotów zainteresowanych komercyjnym wykorzystaniem wynalazku. Dalsze informacje:
dr Klaudia Polakowska Specjalista ds. Transferu Technologii CITTRU, Uniwersytet Jagielloński www.cittru.uj.edu.pl
tel. 12 663 3832, fax: 12 663 3831 e-mail:
[email protected]
