Transcript
Załącznik nr 1 do SIWZ
OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA - Usługa sekwencjonowania DNA Przedmiotem postępowania jest usługa sekwencjonowania DNA plazmidowego lub liniowych fragmentów DNA (produktów reakcji PCR). Matrycowe cząsteczki DNA będą tworzone przez Zamawiającego. Całkowita wartość usługi jest określona na podstawie planowanych 3000 reakcji sekwencjonowania w różnych wariantach przesyłania matryc i primerów, a także na podstawie kosztów przesyłania próbek. 1. Wykonawca musi zapewnić sekwencjonowanie przesyłanych do niego cząsteczek DNA w reakcji typu Sangera. Efektem sekwencjonowania muszą być pliki elektroniczne zawierające bezpośredni wynik sekwencjonowania (wykres zależności fluorescencji próby w czterech kanałach od czasu, tzw. „chromatogram”) oraz sekwencję DNA w postaci tekstowej. 2. Próbki DNA do sekwencjonowania będą dostarczane przez Zamawiającego do Wykonawcy w probówkach typu eppendorf. Wykonawca musi zapewnić (w cenie oferty): opakowania do bezpiecznej przesyłki 20 probówek oraz nalepki na probówki oznaczone unikalnymi kodami kreskowymi do automatycznego rozpoznawania próbki w laboratorium wykonawcy. W przypadku sekwencjonowania wysokoprzepustowego (pozycja nr 4 w Arkuszu Asortymentowo-Cenowym – Załącznik nr 1a do SIWZ) wykonawca musi zapewnić w cenie oferty opakowanie do bezpiecznej przesyłki 96 próbek, z twardą pokrywą, zawierające wewnątrz gotowe probówki w ministatywie, oznaczone unikalnymi kodami 2D (kreskowymi) i 3D (oba rodzaje kodów muszą być obecne na tej samej probówce) do automatycznego rozpoznawania próbki w laboratorium wykonawcy. 3. Zamawiający dostarcza do Wykonawcy próbki przygotowane w sposób zgodny z dostarczonym przez Wykonawcę na początku okresu obowiązywania umowy (w ciągu 5 dni od podpisania umowy) szczegółowym dokumentem opisującym odnośne procedury. 4. Wykonawca musi zapewnić możliwość przesyłania próbek DNA z laboratorium Zamawiającego do laboratorium Wykonawcy, przesyłką kurierską o masie poniżej 0.5 kg, wysyłka w uzgodnionych terminach odbioru, co najmniej 2 razy w tygodniu o określonej godzinie z dostępem Zamawiającego do informacji o terminie (dacie i godzinie) dostarczenia przesyłki do Wykonawcy. Szczegółowe zasady zamawiania i odwoływania przesyłek kurierskich zawarte zostaną w szczegółowym dokumencie opisującym odnośne procedury, dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy. 5. Cenę za dostawę próbek do sekwencjonowania do laboratorium Wykonawcy, Wykonawca zobowiązany jest uwzględnić w cenie poszczególnych poz. 1-4 arkusza asortymentowo cenowego. 6. Przesyłanie próbek z laboratorium Zamawiającego do laboratorium Wykonawcy, przesyłką kurierską o masie poniżej 0.5 kg, wysyłka w uzgodnionych terminach odbioru co najmniej 2 razy w tygodniu, z dostępem Zamawiającego do informacji o terminie (dacie i godzinie) dostarczenia przesyłki do Wykonawcy. Szczegółowe zasady zamawiania i odwoływania przesyłek kurierskich zawarte zostaną w szczegółowym dokumencie opisującym odnośne procedury, dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy.
7. Zamówienia na sekwencjonowanie konkretnych próbek DNA będą składane przez Zamawiającego w obrębie udostępnionego przez Wykonawcę środowiska elektronicznego dostępnego przez internet, z indywidualnym kontem klienta stworzonym dla Zamawiającego. Wyniki sekwencjonowania muszą być udostępniane w tym samym systemie. Zasady działania środowiska elektronicznego opisane zostaną przez Wykonawcę w dokumencie, który to Wykonawca zobowiązany jest dołączyć do oferty (zgodnie z wymogami opisanymi w SIWZ) jako potwierdzenie, że oferowane usługi odpowiadają wymaganiom określonym przez zamawiającego. Szczegółowo opisane zasady działania środowiska elektronicznego stanowić będą załącznik do umowy. 8. Wykonawca musi zapewnić odczyt w reakcji sekwencjonowania prawidłowo przygotowanych próbek z jakością co najmniej odpowiadającą Q20 według Phred i dokładnością co najmniej 99% na przestrzeni co najmniej 800 par zasad. Reakcje nie spełniające tej jakości mogą być poddane procedurze reklamacji, rozpatrywanej w ciągu maksymalnie 5 dni roboczych. W ramach procedury reklamacji Zamawiający może zlecić ponowny odczyt tej samej próbki. W przypadku uznania reklamacji (winy Wykonawcy za niską jakość pierwszego odczytu) ponowny odczyt jest dla Zamawiającego bezpłatny. 9. Wykonawca musi zagwarantować czas sekwencjonowania próbki (od dostarczenia przesyłki kurierskiej do Wykonawcy do udostępnienia wyników w systemie elektronicznym konta klienta) nie dłuższy niż 48 godzin. Wykonawca musi udostępnić Zamawiającemu możliwość potwierdzenia przez firmę kurierską terminu (daty i godziny) dostarczenia przesyłki do Wykonawcy. 10. Wykonawca musi zapewnić następujące formy (warianty) reakcji sekwencjonowania: a) sekwencjonowanie z użyciem primerów dostarczonych przez Zamawiającego we wspólnej przesyłce z DNA matrycowym, w oddzielnych probówkach typu eppendorf oznaczonych nalepkami z kodami kreskowymi; b) sekwencjonowanie z użyciem standardowych primerów (co najmniej z następującej listy: CMVfor, CMVmin, Gal4 AD, Gal4 BD, M13 (-96), M13 rev (-29), M13 rev (-49), M13 uni (-21), M13 uni (-43), pcDNA3_for, pcDNA3_rev, pEGFPC1for, pEGFPC1rev, pEGFPN1for, pEGFPN1rev, pGL for, pGL rev, pGL3 for, pJET1.2for, pJET1.2rev, pJET1_fwd, pJET1_rev, SP 6, T3, T7) dostarczanych przez Wykonawcę; c) sekwencjonowanie z użyciem niestandardowych primerów dostarczanych przez Wykonawcę na podstawie sekwencji wprowadzonej w elektronicznym systemie zamawiania przez Zamawiającego; d) sekwencjonowanie wysokoprzepustowe 96 próbek wysyłanych jednocześnie przez Zamawiającego w postaci uprzednio przygotowanej w dedykowanych probówkach mieszaniny DNA matrycowego i primerów. Cena każdego z tych rodzajów usługi musi być podana w ofercie. 11. Dla primerów standardowych (wariant b) i primerów syntetyzowanych przez Wykonawcę (wariant c) Wykonawca musi zapewnić primery syntetyzowane w dedykowanej do sekwencjonowania procedurze (innej niż procedura produkcji primerów do reakcji typu PCR), zapewniającej co najmniej 90% czystość weryfikowaną chromatografią cieczową (wynik do wglądu dla Zamawiającego).
12. Wykonawca musi zapewnić przechowywanie primerów (syntetyzowanych na podstawie przesłanej przez niego sekwencji) w swoim laboratorium przez okres co najmniej 3 miesięcy do wykorzystania w kolejnych reakcjach sekwencjonowania. Wykonawca musi zapewnić przechowywanie wyników sekwencjonowania w obrębie elektronicznego systemu konta klienta przez okres co najmniej 12 miesięcy. 13. W przypadku zaistnienia okoliczności niemożliwych do wcześniejszego przewidzenia, niezależnych od Wykonawcy, np. awarii aparatury, Zamawiający dopuszcza wydłużenie terminu realizacji usługi do 7 dni roboczych. W wypadku zaistnienia takich okoliczności Wykonawca jest zobowiązany do natychmiastowego powiadomienia Zamawiającego.
